王晓毅教授长期致力于中国古代思史，特别是魏晋时期的思想史研究。先后承担的研究课题有“儒释道与魏晋玄学的形成” （国家社会科学基金“九五”项目）、“魏晋学术思潮研究”（山东大学杰出青年基金项目）、在研的课题有“魏晋玄学与官方儒学”（2004国家社会科学基金规划项目）、“周易与玄学研究”（教育部山东大学“周易与中国古代哲学”基地项目）、“郭象思想研究”（清华大学人文学院“985”调控项目）。著有《儒释道与魏晋玄学形成》（中华书局2003年9月版）、《王弼评传》（南京大学出版社1996年）、《中国文化的清流──正始之音》（中国社会科学出版社1991年）、《嵇康评传》（广西教育出版社1994年）等。其中《王弼评传》获第十二次山东省社会科学优秀成果一等奖，《中国文化的清流——正始之音》获第七次山东省社会科学优秀成果二等奖。此外在《历史研究》、《哲学研究》等一流刊物上发表论文近百篇。
王老师在从研究生毕业之后一直研究黄老思想和《人物志》至今20余年，被誉为中国研究《人物志》第一人。
（一）著作
1、儒释道与魏晋玄学形成 中华书局 2003年9月版
2、郭象评传（附向秀评传）南京大学出版社， 2006年8月版
3、王弼评传（附何晏评传）南京大学出版社1996年2月
4、中国文化的清流──正始之音中国社会科学出版社1991年3月
5、国学举要·道卷湖北教育出版社， 2002年9月版
6、中国古代人才鉴识术 ──《人物志》译注与研究吉林文史出版社1994年8月
7、嵇康评传广西教育出版社1994年8月
8、放达不羁的士族陕西人民出版社1989年12月
9、《知人者智——<人物志>解读》，中华书局，2008年版。 [1]
（二）论文（略）